Daerah Kecil Pagalungan pada suatu ketika dahulu merupakan hanya sebuah kampung kecil yang telah diwujudkan pada tahun 1950 oleh dua orang tempatan iaitu O.T Angansak Bin Biagan yang berasal dari kampung Bantul dan KK Antugi Bin Anduat yang berasal dari kampung Kakutar, Sumatalun.

Nama Pagalungan adalah diambil berdasarkan pertemuan kuala sungai logongon dengan kuala sungai tagol yang disebut “PAHALUNGAN” dalam bahasa murut, yang bermaksud pertemuan kuala sungai.

Setelah sekian lama, di kala negeri sabah silih berganti parti pemerintah akhirnya pada tahun 2006 dalam pemerintahan barisan nasional, hasil dari permintaan seluruh masyarakat pagalungan dan sokongan YB Datuk Bobbey A Suan. Pagalungan dengan rasminya diwartakan oleh kerajaan sebagai Daerah kecil pada 01 Jun 2006 yang telah dirasmikan oleh Mantan SKN Datuk K.Y Mustafa.